O taxă vamală autonomă (Unilateral customs duty) este aplicată în acordurile comerciale unilaterale, de către o țară asupra mărfurilor altora. De exemplu, taxe este aplciată asupra bunurilor din statele care nu beneficiază de clauza națiunii cele mai favorizate. Prin această taxă, țara care o impune încearcă să-și protejeze industria internă de concurență.